Kaupunki antoi 1893 ostamansa tilan vuokralle Isak ja Albertina Saarelalle. Kaupunki yritti ostollaan estää alueen lisärakentamista hökkelikyliksi. Läheisenä maaseutukeskuksena tila olikin tärkeä Helsingin ruokkija! Kartano oli suuri maidontuottaja, navetassa oli 150 lehmää, tallissa 50 hevosta ja sikojakin oli pari sataa! 

Ehkä hieman huvittavaakin, että huomattava osa kumpulalaisista oli aina 1950-luvulle asti hevosmiehen tai ajurin ammatissa. Kumpulan kartano oli kuitenkin Helsingin keskustaa lähinnä oleva kartano, jonka maalaismaisessa ympäristössä oli hyvä pitää hevosia.

Kartanon maat liitettiin lopullisesti Helsinkiin 1906. Jo vuotta aiemmin kaupunki osoitti tilan piharakennuksen lääkintöhallituksen ylimääräiseksi veneeriseksi sairaalaksi. Vaunuvajan alakerrassa oli sairaalan keittiö, ja asuinrakennus oli sairaalan konttorina. Suurimmillaan sairaalassa oli 145 vuodepaikkaa, ja potilaat olivat yleensä pakkohoidossa olevia prostituoituja naisia. "Kuppalaksi" haukuttu entinen kartano oli lauta-aidalla ympäröity.

Kartanon puurakennuksia purettiin sairaalakäytön aikana. Leivintupa toimi vuokra-asuntona. Jyrängöntien mutkan kohdalla olleessa 1960-luvulla puretussa puutalossa asunut Anton Holmqvist oli keltaisessa kivitalossa asuneen Karl Lindbergin tavoin alkuaan Ruotsista tullut puutarhuri. Holmqvistit vuokrasivat nykyisen Nylanderin puiston maita molemmin puolin Jyrängöntietä 1908-1957. Alueella kasvatettiin mm. kaalia vielä 1960-luvulla. Talvisodan aikana sairaalan henkilökunnasta 60 henkeä oli evakuoituna Sammatin emännyyskoululle, jonne myös sairaalatoiminnot sodan ajaksi siirtyivät. Sota-ajan pommituksissa 26.-27.2. 1944 tuhoutui osa hirsisestä lihamakasiinista Jyrängöntien varrella ja päärakennuksen kuisti, joka sitten rakennettiin kartanon päärakennuksen varjoisalle puolelle. Sukupuolitautisairaalana toimineeseen kartanorakennukseen siirrettiin 1953 myös Suomen viimeiset leprapotilaat Oriveden lakkautetusta leprasairaalasta. Kumpulan sairaala lakkautettiin 1960 ja toiminta keskitettiin Snellmaninkadun klinikalle.

Kartano luovutettiin kouluhallituksen käyttöön, joka 1962 avasi päärakennuksessa Toukolan kansakoulun. Vaunuvaja oli mm. pulpettivarastona. Koulu lopetettiin peruskoulu-uudistuksen yhteydessä 1977, ja asuinrakennus ja leivintupa jäivät vuokra-asunnoiksi. Alue vuokrattiin Helsingin yliopistolle 1979, talot kunnostettiin ja ympärille alettiin rakentaa kasvitieteellistä puutarhaa, jossa sopeutetaan Suomen oloihin mm. Japanin Hokkaidon, Kiinan Mantsurian ja Pohjois-Amerikan kasveja. Puutarha avattiin yleisölle kesällä 2009. Kartanon puiston aidan vieritse kulkevan puron rantamilla kasvaa paitsi näyttävää osmankäämiä, myös harvinaista varstasaraa, sekä rohtorusojuurta.

Matemaattis-luonnontieteellisen tiedekunnan kanslia muutti päärakennukseen 1996.