Valtioneuvos Johan Gabriel von Bonsdorff osti Gumtäktin kartanon 1840 ja rakennutti oitis uuden, nykyisen päärakennuksen vuosina 1841–1845. Tuolloin kartano kukoisti yli neljän neliökilometrin laajuisena. Päärakennus on edelleen ulkoisesti lähes alkuperäisessä asussaan.
Kuten empiretyyliä edustavissa rakennuksissa yleensä, Kumpulan kartanossakin on monia mielenkiintoisia yksityiskohtia. Sen toinen kerros on ensimmäistä korkeampi. Etelänpuoleisessa seinässä on neljä suurta pyörökaari-ikkunaa ja sisäänkäynnin yläpuolella on kiviterassi. Rakennuksen suunnittelijan nimi ei ole tiedossa. Päärakennuksen pohjoissivustalla on kaksi suurehkoa kivirakennusta. Lähinnä pääporttia on asuintalo, ns. siipirakennus, jonka oletetaan rakennetun samoihin aikoihin kuin kartanon päärakennus. Se on ilmeisesti ollut henkilökunnan asuinrakennus ja vierastalo, sairaalavaiheessa myös konttori. Kansakoulun aikana siinä asui kaupungin vuokralaisia. Nykyisin talossa on yliopiston vierashuone ja henkilökunnan asuntoja. Aivan pääportin pielessä oleva harmaakivi-tiilirakennus oli alun perin kartanon juureskellari. Sairaala-aikana kellaria käytettiin ruumishuoneena ja nykyisin kasvitieteellisen puutarhan varastotilana.
Vauras kartano oli myös yksi Helsingin huvielämän keskuksista. Sen maille tekivät Helsingistä maaseuturetkiä muutkin kuin toukokuisia kuuluja Floran päivän juhlia viettäneet yliopistolaiset. Professori Evert von Bonsdorffin ystävä ja työtoveri Magnus von Wright 
retkeili vuosikymmenet Vanhankaupunginlahden rannoilla ja Gumtäktin mailla. Yliopiston eläintieteellisen museon konservaattorina ja myöhemmin piirustuksenopettajana hän tarkkaili lintuja ja myös ampui niitä museon kokoelmia varten. Kuuluisat lintumaalaukset perustuvat osin näiden retkien havaintoihin. Retkiin sisältyi usein aamiainen tai illallinen kartanossa. Magnus von Wright maalasi 1860-luvun alussa kuvan Gumtäktin kartanon päärakennuksesta merenlahden taustalla, etualalla kuvassa on lukuisia tunnistettavia lintulajeja.
Johan Gabriel von Bonsdorff on mahdollisesti rakennuttanut päärakennuksen lisäksi myös muut keltaiset kivirakennukset. Kartanon yhteydessä on ollut useita, sittemmin purettuja rakennuksia, kuten navetta, talleja, mylly, sepän paja ja puutarhurin asunto. Vanha kivinen leipomorakennus nykyisen Kasvitieteellisen puutarhan aidan ulkopuolella on saanut vielä jäädä paikoilleen. Kartanolla oli paljon väkeä töissä, joten leipääkin toki kului. Leipomo rakennettiin tällä tavalla muista rakennuksista erilleen suuren tulipalovaaran vuoksi. Tämä rakennus oli myös kartanon tavoin kiveä.